旅行は中止になり、仕方なく家に戻ろうとしたマイクとフィービーは、街道を車で走行中にバリー・ワッツ保安官（スチュアート・グリアー）に止められる。
ハワイ行きが中止になったことを確認したワッツは、ドラッグ常習犯のマイクをからかっただけで、家に帰るよう二人に指示する。
帰宅したマイクは、不機嫌なフィービーを気にしながらもプロポーズのタイミングかもしれないと考える。
しかし、マイクがオムレツを焦がしたことに気づいたフィービーは、フライパンで火傷してしまい、気分を害して部屋に閉じこもる。
コンビニの店員であるマイクは店に向かい、マリファナを吸い店番をしながら、趣味の”サルのアポロ”の漫画を描いていた。
バージニア州、ラングレー、CIA本部。
降格させられたヴィクトリア・ラセター（コニー・ブリットン）は、同僚のピーター”ピーティー”ダグラス（トニー・ヘイル）から声をかけられるものの、相手にする気にならない。
そこに何者かから電話が入り、タフガイ”が動き出し、マイク・ハウエル、別名”ワイズマン”が24時間以内に殺されることをラセターは知らされる。
ラセターは、”親切心で教えた、作戦の邪魔をするな”と言われる。
失敗に終わった”ウルトラ・プログラム”のエージェントだったマイクは保護されるはずだったために、ラセターは不思議に思う。
プログラムを受け継いだエイドリアン・イェーツ（トファー・グレイス）の元に向かったラセターは、”ワイズマン”を殺そうとする”タフガイ”とは誰かを問う。
自分が担当した”ワイズマン”を殺さないでほしいとイェーツに伝えたラセターだったが、不用品は今日中に排除すると言われて追い払われる。
ドラッグの売人ローズ（ジョン・レグイザモ）に会い、フィービーを喜ばすための花火を受け取ったマイクは店に向かう。
暫くして現れた客のラセターから意味不明な言葉を言われたマイクは、しつこく何度も繰り返す彼女の言葉で、一瞬、身体の異変を感じる。
マインドコントロールされる暗号だった言葉を聞いてもマイクが、何の反応もないため、ラセターは諦めてその場を去る。
ラセターが買わなかったカップヌードルにお湯を注いだマイクは、駐車場の自分の車を荒らされていることに気づく。
二人の男が襲い掛かってきたために、持っていたカップヌードルとスプーンで対抗したマイクは、銃も奪い難なく彼らを殺してしまう。
そのことを電話でフィービーに話したマイクは、人を殺してしまったと言って彼女を呼び寄せる。
起きた出来事をフィービーに話したマイクは、駆け付けたワッツ保安官に逮捕されてしまう。
”タフガイ”が”ワイズマン”に殺されたという報告をオーティス（マイケル・パパジョン）から受けたイェーツは驚く。
”ワイズマン”の戦闘本能が目覚めたと言われたイェーツは、ラセターの仕業だと考え、町を封鎖し彼女を捜すようオーティスに指示する。
マイクが拘留中であることも知ったイェーツは、殺すのに都合がいいと考え、”タフガイ”のラファ（ウォルトン・ゴギンズ）とクレイン（モニーク・ガンダートン）を差し向けるよう命ずる。
一緒に留置場に入れられているフィービーから、事件のことをもう一度、訊かれたマイクは、女性客から意味不明な言葉を言われて以来、全てのことを鮮明に覚えていると伝える。
ワッツの尋問を受けていたマイクとフィービーは、停電したために驚く。
警察署はクレインとラファの襲撃を受け、ワッツらは反撃する。
ラファに襲われたマイクは、本能的に戦闘モードとなる。
ワッツらは、押し入ってきたクレインに銃撃される。
ラファを叩きのめしたマイクは、彼を留置場に閉じ込めて、フィービーと共にその場から逃げようとする。
電力が復旧し、逃げるマイクとフィービーに気づいたクレインは、二人に発砲する。
クレインの足と椅子を手錠でつないだワッツは、二人を逃がそうとして叫ぶが、射殺されてしまう。
フィービーと共に外に逃げたマイクはクレインが投げた手榴弾をキャッチし、それを投げ返す。
爆破の衝撃を受けたクレイン殴り倒したマイクは、フィービーと共にその場から逃げる。
ウィルス感染者が出たということにして町を封鎖させたイェーツは、ラセターから連絡を受けて、マイクが”タフガイ”二人を殺したことを伝える。
作戦を阻止してみせると言うラセターは、電話を切ってしまう。
殺されそうになったことで動揺するフィービーを落ち着かせたマイクは、ローズの家に向かおうとするが、車が爆破されてしまう。
警察署に向かったラセターは、その惨状を確認する。
マイクを起動させたことをピーティーに知らせたラセターは、町に現れた”タフガイ”からマイクを守り、作戦を阻止したいことを伝える。
派手な行動をし過ぎることを疑問に思うラセターは、自分も狙われているため武器が必要であることを伝え、ピーティーに協力を求める。
武器や戦略について急に詳しくなった反面、過去のことを思い出せないマイクは、戸惑いながらローズの家に着く。
ヘリコプターで到着したイェーツは、大掛かりで目立つ行動をしたオーティスを批判しながら、待機する10名以上の”タフガイ”を確認して、マイクと戦ったラファと話す。
ガスマスクと銃を持っていたローズは、町が騒ぎになっていることをマイクとフィービーに伝える。
そこにビッグ・ハロルド（ラヴェル・クロフォード）とクインジンが現れ、ローズは、ウィルスが蔓延していると言いながら、マイクとフィービーにニュースを見せる。
保菌者のラセターとマイクの情報を集めていると言う報道に驚くローズは、混乱しながら人を何人も殺してしまったことなどを話すマイクに銃を向ける。
銃を簡単に奪ったマイクは、ローズに謝罪してそれを返し、匿ってもらうことになる。
ピーティーが用意した武器を手に入れたラセターは、ラファなど”タフガイ”の資料も手に入れる。
それを知ったイェーツはピーティーに電話をして、反逆罪であることを伝え、ラセターに二度と手を貸すなと警告する。
ラセターからの電話を受けたピーティーは、作戦を公表するよう指示されるものの、これ以上、手伝えないと伝えて電話を切る。
ドラッグの売人であるローズは信用できないとマイクに伝えたフィービーは、逃げる方法を考える。
ライオフロキシンの使用許可が出たイェーツは、ラファらの行動を開始させる。
ローズらは殺され、ガスが部屋に充満する中、襲われたマイクは、マスクをつけたフィービーと共にその場から脱出する。
気分が悪くなったマイクに、ライオフロキシンを吸ったせいだと伝えたフィービーは、彼に解毒剤を打ち眠らせないようにする。
回復したマイクは、なぜガスの名前を知っている理由をフィービーに問い、彼女は、5年前に任命された自分の担当のCIAエージェントだということを知る。
恋人ではないと言って混乱するマイクは車に向かい、フィービーの話を聞こうとしない。
落ち着いたマイクは、自分が人間であることは確認するが、フィービーに関することは、真実も交じっているが嘘だと知る。
愛していることも嘘だったと言うマイクは、フィービーを車から降ろそうとするが、ラファの車に追突されて橋から落下する。
フィービーを車から引きずりだしたラファは、マイクを銃で脅す。
脚が挟まって動けないマイクを車に残しガソリンをまいたラファは火を放ち、気を失っていたフィービーを起こしてその様子を見せようとする。
そこにラセターが現れるものの車は爆発し、それを見たフィービーはマイクのことを案ずる。
イェーツの元に連れて行かれたフィービーは、事務職の彼が指揮官だったために驚き、服従させられる。
マイクを救ったラセターは、自分が誰か分かるかを問うが、店に来た客か又は母だと言われる。
自分の正体を知りたいと言うマイクに、18歳の時に麻薬で逮捕され、”ワイズマン”候補を探していたラセターらに、実験台になるチャンスを与えられたことを知る。
成功したのは自分だけだったと知ったマイクは、実験を受けた者は精神を病んだために、中止して新しい人生を与えたと言われる。
ドジでダメ人間にしたのは、守るために操作した結果だと言われたマイクは、自分を殺そうとしている者達のことをラセターに訊く。
ガソリンスタンドのオーナーに見つかってしまったマイクとラセターは感染者だと言われ、その場から逃げる。
マイクとラセターの情報を入手したイェーツは、ピーティーに連絡して、無人機を飛ばし町に向かわせるよう指示する。
迷ったピーティーだったが、仕方なくミサイルを搭載した無人機を飛び立たせる。
マイクとラセターが家に向かったことを知ったイェーツは、オーティスを現場に向かわせる。
作戦が中止されてもCIAに戻らなかったフィービーが、自分を人間として信頼していたとラセターから知らされたマイクは、フィービーは町に留まり、マイクのために人生を捨てたと言われる。
ラセターが”タフガイ”に襲われ、外で待機していたオーティスは銃撃する。
それを知ったイェーツは、無人機で攻撃するようピーティーに命ずる。
反撃したマイクとラセターは、”タフガイ”のビードル （ナッシュ・エドガートン）とオーティスを倒す。
迷った末にピーティーは、無人機の攻撃を中止してしまう。
連絡を受けたクルーガーは現地に飛び、イェーツは、司令部が撤収されることを知る。
イェーツからの連絡を受けたマイクは、自分達が無事だったために諦めると言われ、ショッピングセンターの”マックス”に呼び出される。
フィービーを拘束していることを知らされたマイクは、彼女から、愛しているので逃げるようにと言われる。
”マックス”に向かったマイクは、花火を使って攻撃しながら車で店に突っ込む。
店内アナウンスを使いフィービーに愛を伝えたマイクは、傷つきながらも、商品を使って”タフガイ”を次々と倒す。
イェーツから後を任されたラファは、マイクと激しい戦いとなる。
手錠を外したフィービーは反撃し、現れえたラセターがイェーツに襲い掛かる。
互いにコントロールされていることを確認したマイクとラファは、戦いを止める。
現れたクルーガーは、イェーツを殺そうとするラセターを制止する。
ラファは姿を消し、フィービーはマイクと共に外に出る。
二人は州警察などに包囲され、マイクは、その状況でフィービーに指輪を見せて、彼女の指にはめる。
その場で結婚することを伝えたマイクとフィービーだったが、二人は気絶させられる。
雨の降る中、イェーツと共に森に連れて行かれたラセターは、拘束されたピーティーを責めないでほしいとクルーガーに伝える。
クルーガーは、民間人を含めた死者を出したラセターと、権限もないまま勝手な行動をしたイェーツを非難する。
既存のプログラムを低予算で活用できる事を実証したと言って、自分の行動を正当化したイェーツだったが、クルーガーに射殺される。
命乞いをするラセターに、マイクの殺害計画を教えたのは自分だと伝えたクルーガーは、危険なマイクは抹殺しなけらばならないと伝える。
奇跡を起こせと言われたラセターは、自分のプログラムが成功したことが奇跡だと伝える。
”ワイズマン”のマイクは17人の”タフガイ”を殺し、”ウルトラ・プログラム”史上最も優秀なエージェントであるとクルーガーに伝えたラセターは、4億ドルをかけた救う価値があるマイクを監禁して殺すのかを問う。
その後、クルーガーが見つめる中、エージェントのマイクは、今回の事件について尋問官から質問を受ける。
6か月後、フィリピン、マニラ。
ラセターとピーティーの監視下で、フィービーと共に作戦を実行するマイクは、敵に拘束される。
武器も持たずに一人で来たのかと言われたマイクは、周囲の調理器具で相手を倒せると判断し、思わず笑ってしまう。
近づいてきた敵に中国語で話しかけてマイクは、迷わずに反撃する。
