キリアンは人間でありマシンではないと言ってそれに反対するオウレイだったが、カッターは、マシンではなく兵器であり、社の未来だとと伝えてその場を去る。
1年後。
公安9課の荒巻大輔課長（ビートたけし）の指揮下で少佐として任務に就いていたキリアンは、同僚のバトー（ピルー・アスベック）と共に、ハンカの工学主任オズモンド博士（マイケル・ウィンコット）が芸者ロボットにハッキングされるのを阻止しようとする。
その件をバトー、トグサ（チン・ハン）、ラドリヤ（ダヌーシャ・サマル）、イシカワ（ラザルス・ラトゥーエル）ら同僚と調査したキリアンらは、荒巻に報告する。
ハンカの科学者三人が研究所で殺され、いずれもオズモンド同様、電脳ハッキングされた。
犯人のクゼ（マイケル・ピット）は、”ハンカと組めば破滅だ”というメッセージを残していた。
トグサとラドリヤは、カッターにこの件を話すよう荒巻から指示され、キリアンとバトーは、芸者ロボットを調べているダーリン博士（アナマリア・マリンカ）のレポートを取りに行くようにと言われる。
荒巻のオフィスに呼ばれたキリアンは、無謀な行動をしたことを責められる。
行動していなければ更に死者が出たはずだと伝えたキリアンは、自分には責任があると言う荒巻に、クゼを見つけて殺すことを約束する。
自分は、そのために造られたマシンだと伝えたキリアンは、ただの武器ではなく”魂/ゴースト”があり、人は個性を美徳とされて初めて安らぎを見出せると荒巻から言われる。
バトーとダーリンの元に向かうキリアンは、人嫌いの彼が野良犬を可愛がっていることを知り、自分も昔、犬を飼っていたと伝え、猫派だと思ったと言われる。
過去のことを話したがらないと言われたキリアンは、断片的な記憶しかないからだと答え、両親は難民ボートが沈んで港で死に、自分も死にかけたと話す。
記憶に濃い霧がかかり向こうが見えない感じだと言うキリアンは、自分は毎日、記憶に苦しむと話すバトーから忘れるべきだと助言される。
オウレイに負傷した手首を修理してもらったキリアンは、時々、バグが起きるものの、直ぐに元に戻ることを伝える。
薬のことを訊かれたキリアンは、使っているが、今朝も同じ感覚が繰り返されたと話す。
それをチェックしたオウレイは、非暗号化ダウンロードを勧めるが、キリアンはそれを拒み、同意して消去してもらう。
本物の記憶でなかったと思うキリアンだったが、バグは他のコードと構造が違うと言うオウレイは、考えは何もかも分かると伝える。
それがマシンだからだと考えたキリアンは、人間だと思っていると言われ、皆は何かとつながっているのに自分だけは違い、過去がないように思えるとオウレイに伝える。
時間がたてば感じるはずだと言われたキリアンは、人を決めるのは記憶ではなく、何をするかで決まることだと話すオウレイの言葉を信じるしかなかった。
ダーリンに会ったキリアンとバトーは、コンパニオン用の芸者ロボットが電脳ハッキング用に改造させられていると言われる。
その記憶にダイブするのがクゼを見つける鍵だと考えたキリアンは、芸者ロボットとの電脳接続に同意してそれを試みる。
”サウンドビジネス”というクラブでクゼを見つけたキリアンだったが、危険だと感じたバトーは、ダーリンに接続を切断させる。
電脳通信を使い、バトーと別々に”サウンドビジネス”に向かったキリアンは、通信が途絶える。
トイレでラドリヤから銃を受け取ったバトーは、彼女から通信が遮断されたことを知らされる。
トニー（ピート・テオ）らに絡まれ叩きのめしたキリアンは通信が復旧したことを確認し、カウンターで銃撃戦を繰り広げたバトーに奥に向かうことを伝える。
その場に現れたクゼから、”ハンカと組めば破滅する”と言われたキリアンは、銃撃するものの彼は姿を消す。
バトーが現れた瞬間その場は爆発し、キリアンと彼は吹き飛ばされて損傷する。
研究室で修理されるキリアンは、バトーが無事だったことをオウレイから知らされ、クゼが姿を現したことを伝える。
スキャンの結果、多くのバグが見つかったと言われたキリアンは、クゼと同じシェルに入ったため、重大な問題が起きる可能性があることも知らされる。
自分は無敵ではなく、体は修復できるが心は守れないと言われたキリアンは、考えが分かるのなら心も守れるはずだとオウレイに伝える。
将来、人は自分のようになるという重要性を理解するべきだと言われたキリアンは、孤独であることが分かるかをオウレイに問う。
修復が終わったキリアンは、目を負傷し義眼レンズを装着したバトーから、命を救われたと言われ、犬にエサをやることを頼まれる。
問題を起こしたのは予算不足であるためかを荒巻に尋ねたカッターは、必要なものは全て揃っていると言われる。
キリアンは異常がなければ最強だが、芸者ロボットにダイブされたらしいと言うカッターは、ハンカは政府にとって重要な存在で、キリアンは社の未来であり、彼女に何かあったら9課は解散されると警告する。
了解したと答えた荒巻だったが、自分はハンカではなく総理の意思に従うまでだと伝える。
街角にいたリア（アジョワ・アボアー）に話しかけて、人間であることを知ったキリアンは、肌に触れてその感触などを確かめる。
その頃、ダーリンを脅すクゼは、自分から何を奪ったのかを問い、何も聞いていないと言う彼女を殺す。
それを知ったキリアンとバトーは研究室に向かい、ダーリンが持っていたデータをチェックする。
クゼが奪ったのは”プロジェクト2571”の関係者リストで、オウレイもその中にいることを知ったキリアンは、彼女に連絡をする。
ラドリヤは、オウレイが移動中で連絡がとれないことをキリアンに伝える。
クゼから指令を受けたリー・カニンガム（ダニエル・ヘンシャル）は、オウレイの車に衝突して、彼女から”2571”の件を聞き出そうとする。
そこに現れたキリアンらは攻撃しておオウレイを助け、リーを捕えて尋問する。
誰も殺していないと言うリーがハッキングされて、別の現実を植え付けられているとトグサは指摘する。
リーの中にクゼがいると考えるキリアンは、危険を承知して彼に近づいて話し、その信号の発信場所をトグサが特定する。
バトーらと共にその場に向かって押し入ったキリアンは、襲われて捕らえられる。
現れたクゼは、自分が作ったネットワークに接続したと言って、命が尽きても、ゴーストはその中で再生することをキリアンに伝える。
キリアンに惹かれたと言うクゼは、芸者ロボットにダイブした時に、初めてにも拘らず懐かしく思えたので同類だと伝えるものの、無実の研究者を殺したことを彼女から責められる。
自分を造った科学者が無実だと思うのかと言われたキリアンは、それを聞いて驚く。
キリアンは、脳をシェルに移植されたのは自分が最初ではなく、クゼを造りだした際の失敗を教訓にして生み出されたという話をされる。
話が理解できないキリアンに、自分が廃棄される時に意識があり、脳とシェルが適合しないと医師が話すのを聞いたとクゼは伝える。
”プロジェクト2571”は失敗だという話だった言うクゼは、次の段階として造られたのがキリアンだと話しながら、彼女の顔の皮膚を外し、技術の進歩を確認する。
人間の進化のために自分達は造られたのだが、独自に進化したと話すクゼは、キリアンから、人を殺して進化と言えるのかと問われる。
自分を守るための正当防衛だと言うクゼは、何を奪ったか知るまでは更に大勢を殺すと伝える。
そうはさせないと言うキリアンに、自分を殺すのかと問い彼女を解放したクゼは銃撃され、胸に刻まれた模様は何だと言われる。
思い出せないが脳裏を離れないと言うクゼは、キリアンも同じだったことを知る。
与えられた薬を使ってはいけないと言うクゼは、それが記憶を制御するとキリアンに伝える。
ゴーストは自分のものであり、それを忘れなければ全てを思い出せるかもしれないと伝えたクゼは、押し入ってきたバトーらに攻撃を加える。
キリアンは、クゼを追うようにして姿を消す。
オウレイの元に向かったキリアンは、自分の前に98人が実験に失敗したことを知る。
自分がどこから来たのか、家族のことも問うキリアンは、オウレイから、船のテロは偽の記憶だと言われる。
テロと戦うためだと言うカッターに指示されたと話すオウレイは、自分は反対したと伝える。
全てが嘘だと分かったキリアンはクゼに会ったことを伝え、彼を造り正体を知っていたオウレイを責める。
クゼの心は暴力的で不安定だったため救えなかったと伝えたオウレイは、キリアンから見殺しにしたと言われる。
姿を消したキリアンの居場所が分かったバトーは彼女の元に向かい、なぜクゼを逃がしたのかを尋ねる。
誰も信じられないと言われたバトーは、自分は信じると言うキリアンに協力を求められる。
キリアンが秘密を知ったことをカッターに伝えたオウレイは、彼女を連れ戻すと言われる。
キリアンを捕えたカッターは、情報を与えたオウレイを責めて、キリアンは再プログラムしてクゼの記憶も消すと言われる。
クゼのデータをダウンロードして、キリアンは廃棄処分して改良型を造るようにと指示されたオウレイは、反論するものの聞き入れられず、カッターから薬を渡される。
薬をすり替えたオウレイは、それをキリアンの脳に注入して、過去のデータを渡して彼女を解放する。
その様子を見ていたカッターは、別室に閉じ込められる。
警備に襲われたキリアンは相手を倒し、オウレイは彼女を逃がす。
カッターは、人間の心は理解できないと言ってオウレイを射殺する。
その後、ヴァーチャルで荒巻のオフィスで話をするカッターは、オウレイを殺したキリアンは自分達に任せるようにと伝えるが、バトーから、彼女が殺すわけはないと言われる。
キリアンはテロリストに操られていると言うカッターは、表沙汰になれば9課は閉鎖だと荒巻に伝える。
荒巻から、キリアンを殺せば自分達は終わると言われたカッターは姿を消す。
バトーから対処方法を訊かれた荒巻は、デスクの引き出しから拳銃を取り出す。
あるアパートの部屋に向かったキリアンは、出て来た猫を抱きかかえ、その住人の草薙ハイリ（桃井かおり）に招き入れられる。
家を出た娘の素子は1年前に死んだと話すハイリは、役人から遺灰を受け取っただけで、自殺したと言われたとキリアンに伝える。
それを信じないハイリは、仲間達と無法区域で幸せに暮らしていた素子は、警察が現れて恋人と共に逃げたと話す。
素子がまだ生きていると思えると言うハイリは、キリアンが娘に似ていると伝える。
どこが似ているのか尋ねたキリアンは、自分を見る感じがと言われ、誰なのかと訊かれる。
分からないと答えて帰ろうとしたキリアンは、ハイリから、また来てくれるかと言われ、それを約束する。
過去は素子だったと確信したキリアンは、逃げた自分達が実験台にされ、同じ境遇のクゼもハンカに対して復讐していると考える。
それを荒巻に伝えたキリアンは、オウレイなら証明できると伝えるものの、彼女が死んだことを知らされる。
自分が殺したとカッターから言われたことを知らされたキリアンは、回線につなぐことを要請し、決着をつけることを荒巻に伝える。
二人の会話を聴いていたカッターは、荒巻を抹殺しようとする。
襲い掛かる敵を難なく射殺した荒巻は、自分達はハメられていたことをバトーらに知らせる。
バトーとトグサは、敵に襲われるものの相手を倒す。
カッターに知られながら、キリアンは無法区域に向かう。
恋人のヒデオと引き離される素子（山本花織）の記憶が甦ったキリアンは、現れたクゼがヒデオであることを知る。
素子であるキリアンに自分のネットワークに誘ったクゼは、共に戦い復讐することを提案する。
その場を襲ったカッターは、多脚戦車を起動させてキリアンとクゼを攻撃する。
負傷したクゼを捕えたカッターだったが、攻撃を受けながらも戦車によじ登ったキリアンが、自分の体を犠牲にして駆動中枢を破損させる。
地面に転がり落ちたキリアンに近づいたクゼは、ここは自分達の世界ではないと伝える。
それを否定して、この世界を離れたくないと言うキリアンは、自分はここで生きるとクゼに伝える。
”永遠に一緒だ、君のゴーストの中で”と伝えたクゼは意識を失い、カッターの命令で上空のクラフトから発射された弾丸により止めを刺される。
サイトーに連絡した荒巻は、キリアンの無事を確認しする。
無事だと伝えたサイトーは、クラフトを攻撃して撃墜する。
現れたバトーに優しい言葉を求めたキリアンは名前を訊かれ、素子と答える。
バトーから今でも少佐かとも訊かれた傷だらけのキリアンは、そうだと伝えて立ち上がる。
荒巻から、殺人及び国家反逆罪で逮捕すると言われたカッターは、銃を向けるものの銃撃される。
カッターに最後に伝えることがあるかと荒巻から訊かれたキリアンは、”これが正義だ”と伝えてほしいと言いながら、自分はそのために戦うと考える。
キリアンの同意を確認した荒巻は、カッターを射殺する。
体は修復され、素子の墓参りをしたキリアンは、その場にいたハイリに、もう来なくていいと伝えて抱き合う。
自分が何者で何をすべきか知ったキリアンは、戦いを続ける。
